باوجود آن‌كه در ابتداى مقدمه اصل علّيت را اساس كار تحقيق قرار مىدهد و تأكيد مىكند كه « فقط به كمك اصل مذكور مىتوان به نظم و ارتباط كاملى كه ميان اشياء و امور است ، پىبرد . » در جاى ديگر « ابن خلدون به عنوان يك معتقد به ضوابط دينى ، اصل عليت را در بعضى جاها ناديده مىگيرد و تأثير مشيّت الهى را در كيفيّت امور پذيرا مىشود . ادعاى فلاسفه را مبتنى بر آن‌كه وصول به ذات اشياء و موجودات از طريق براهين عقلى ممكن الحصول است ، رد مىكند و مىگويد : منطق و فلسفه نمىتواند ذات اشياء را به ما بنماياند . . . و عالم بسى پهناورتر و غامض‌تر از آن است كه در فكر بشر بگنجد . خداوند چيزهايى آفريده و به امور ترتيبى داده كه بر ما مجهول است . » شگفت اينجاست كه وقتى ابن خلدون به كنكاش در مسائل تاريخى مىپردازد ، به روشنى و سهولت حاكميّت منطق و استدلال عقلى را مىپذيرد ، چنان كه مىگويد : « عقل انسانى به استدراك حقيقت قادر است و با ذات اشياء مطابقت دارد . جست‌وجوى كيفيت امورى كه از طبيعت انسان ناشى مىشوند صورت پذير است ، بالنّتيجه ، تجسّس هر حقيقتى ، توسط فكر انسانى به پيدايش يك علم جديد مىانجامد . » با اين همه ، فكر انسانى بدون كمك و ارشاد دين نمىتواند حق را از باطل بازشناسد اين گفته‌ها نشان مىدهد كه ابن خلدون بر خلاف نظر « محسن مهدى » آن‌چنان فيلسوف واقع‌گرايى كه راه فلاسفهء مقدّم ، و سنت ارسطويى افلاطونى و اسلامى را ادامه دهد نبوده است . . . تضاد ميان گرايش عرفانى و اعتقادات الهى ابن خلدون ، با روحيّه باز و شيوه عقلىاش بارز و آشكار است ، ولى كسانى كه خواسته‌اند ، اثر ابن خلدون را يك اثر كاملا جديد تلقى كنند و او را پيش‌آهنگ مكتب عقلى معرفى نمايند وجود اين تضاد را ناديده گرفته‌اند . حقيقت آن است كه ابن خلدون ، نه دكارت است نه مونتسكيو البته مىتوان گفت كه مسائل مربوط به طريقت تصّوف و عرفان كه در مقدمه ، بدانها پرداخته است گرچه از نظر كمّى ، بخشهاى بزرگى از اين كتاب را دربرگرفته‌اند امّا به لحاظ كيفى برروى شيوهء علمى ابن خلدون و تحسّسات تاريخىاش تأثير بسيار قليلى گذاشته‌اند ، و مؤلف مقدمه ، درست براى تفكيك مسائل علمى از مسائل دينى و عرفانى و فلسفى ، بخش خاصى را به مسائل اخير اختصاص داده است ( كتاب سوم مقدمه ) . اين استدلال ، هرچند در ظاهر مستحكم به نظر مىرسد ، اما در واقع درجه اهميت مسائل غير علمى ، در اثر ابن خلدون آنقدر زياد است كه آن را به هيچ‌روى ناديده نمىتوان گرفت .